Есть у Skype даже тикет по данному поводу, что люди не могут найти в интерфейсе кнопочки для управления отображением оффлайн контактов в линуксовой версии Skype.
Как оказалось, есть даже проще решение (как по мне, то оно и единственное) — «горячие клавиши» Ctrl + U. Быстро и эффективно!